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擴增子測序


服務介紹  Service Introduction


        擴增子測序主要通過對特定長度的 PCR 產物進行測序分析,細菌的16S rRNA基因和真菌的ITS基因結構既具有保守性,又具有高變性。通過測序結果與數據庫比較,可以分析環境細菌/真菌的菌群結構和多樣性。針對環境樣本,16S/18S/ITS 等基因擴增子測序是研究環境微生物多樣 性及群落組成差異的重要技術手段之一。


提供的服務 Services


     根據不同的研究目的和需求,我們提供 3 種擴增子產品:16S rDNA 測序、ITS 測序及目標區域擴增子測序。具體介紹如下: 

1、16S rDNA 測序:16S rDNA 為編碼原核生物核糖體小亞基 rRNA 的 DNA 序列, 具有 10 個保守區域和 9 個高變區域(V1-V9),其中保守區在細菌間差異不大,高變區具有屬或種的特異性,對 16S rDNA 某個高變區進行測序,用于研究環境微生物中細菌或古菌的群 落結構多樣性。

圖43.png

2、ITS 測序:ITS 分為兩個區域:ITS1 和 ITS2,ITS1 位于真核生物 rDNA 序列 18S 和 5.8S 之間,ITS2 位于真核生物 rDNA 序列 5.8S 和 28S 之間。對 ITS1或 ITS2 進行測序,用于研究環境微生物中真菌群落結構多樣性。

圖44.png

3、目標區域擴增子測序:根據客戶的研究需求,利用第二代高通量測序技術,對某些目標基因的 PCR 產物提供測序及分析服務。


實驗流程


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分析內容


 

圖45.png


樣品要求  Sample Requirements


  

送樣建議  送樣量重復樣品數DNA總量DNA濃度DNA純度A260/A280DNA完整性PCR 產物
腸道樣品糞便≥1g,至少大于500mg10-20個m≥0.25μg
推薦m≥0.5μg
c>5ng/μl1.8~2.0DNA無降解,即電泳有明顯的主條帶濃度 ≥ 20 ng/μl,總量 ≥ 400 ng,片段大?。?nbsp;450 bp,條帶單一,無降解,無引物二聚體。
環境樣品水體50ml,推薦使用濾膜推注,2片以上3-5個
土壤樣品土壤、淤泥≥50g10個


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